综合保税区在货物进出、区内货物管理及区内企业管理方面有一系列规定。
一、货物进出相关规定
1、综合保税区与境外之间
一般情况下，综合保税区与境外之间进出货物不实行关税配额、许可证件管理（特殊情况除外）。从境外进入综合保税区，海关免征进口关税和进口环节税（法律法规另有规定除外）。区内货物监管年限届满自动解除监管，运往境外货物免征出口关税。不过，境外进入供区内企业和行政管理机构自用的交通运输工具、生活消费用品，海关依法征收进口关税和进口环节税。国家禁止进口、出口的货物、物品不得在综合保税区与境外之间进出，进出的货物及其外包装、集装箱及交通运输工具由海关依法实施检疫。
2、综合保税区与区外之间
若货物属于关税配额、许可证件管理的，区内企业或者区外收发货人应当取得相应证件，并依法缴纳关税和进口环节税。综合保税区与其他海关特殊监管区域或者保税监管场所之间流转的货物，不征收关税和进口环节税。以出口报关方式进入综合保税区的货物予以保税。经综合保税区运往区外的优惠贸易协定项下货物，符合相关原产地管理规定的，可以适用协定税率或者特惠税率。区内企业加工生产的货物出区内销时，可选择按照其对应进口料件缴纳关税，并补缴关税税款缓税利息；进口环节税应按照出区时货物实际状态照章缴纳。同时，支持区内企业开拓两个市场，开展增值税一般纳税人资格试点的按相关政策执行。
3、保税区货物进出区外提示与注意事项
区内企业可办理集中申报手续，适用海关接受集中申报之日实施的税率、汇率。加工生产过程中产生的边角料、残次品、副产品及包装物料运往区外销售时，应遵守相关行政程序。区内企业产生的未复运出境的固体废物，按国内固体废物相关规定管理，需运往区外进行贮存、利用或者处置的，应按规定向海关办理出区手续。区内企业依法对区内货物采取销毁处置的，应当办理相关手续并承担销毁处置费用。货物出区内销时关税、进口环节税缴纳等按相应规定执行，开展增值税一般纳税人资格试点依规操作。
二、综合保税区内货物管理规定
区内货物可以自由流转，且除另有规定外，不设存储期限。区内企业可利用监管期限内的免税设备接受区外企业委托开展加工业务。区内企业可将自用机器、设备及其零部件、模具或者办公用品运往区外进行检测、维修，也可将模具、原材料、半成品等运往区外进行外发加工，但需办理相关手续。外发加工产生的边角料、残次品、副产品不运回综合保税区的，企业应完成相关行政程序。对于因不可抗力或保管不善等非不可抗力因素造成综合保税区内货物损毁、灭失的，区内企业应当及时报告海关并说明情况。区内企业申请放弃的货物，核准后由海关依法提取变卖。优化 “分送集报” 制度，允许企业在季度结束后 15 日内向海关集中申报并办理手续，申报时间段变为 1 个季度，缴税时间后移且适用海关接受申报之日的税率和汇率。
三、区内企业管理规定
区内企业及其分支机构应当取得市场主体资格，依照法律法规规范财务管理，按照海关事务担保相关规定开展担保业务。海关对区内企业实行稽查、核查制度。
